Salah satu penyebab gangguan reproduksi adalah adanya gangguan fungsional yakni organ reproduksi tidak berfungsi dengan baik. Infertilitas bentuk fungsional ini disebabkan oleh adanya abnormalitas hormonal.
Beberapa contoh kasus gangguan fungsional, di antaranya :
1. Sista ovarium;
2. Subestrus dan birahi tenang;
3. Anestrus dan
4. Ovulasi tertunda.
1. Sista Ovarium (Ovaria, Folikuler dan Luteal)
Status ovarium dikatakan sistik apabila mengandung satu atau lebih struktur berisi cairan dan lebih besar dibanding dengan folikel masak. Penyebab terjadinya sista ovarium adalah gangguan ovulasi dan endokrin (rendahnya hormon LH). Sedangkan faktor predisposisinya adalah herediter, problem sosial dan diet protein. Adanya sista tersebut menjadikan folikel de graf (folikel masak) tidak berovulasi (anovulasi) tetapi mengalami regresi (melebur) atau mengalami luteinisasi sehingga ukuran folikel meningkat, adanya degenerasi lapisan sel granulosa dan menetap paling sedikit 10 hari. Akibatnya sapi-sapi menjadi anestrus atau malah menjadi nymphomania (kawin terus).
Penanganan yang dilakukan yaitu untuk sista ovaria dengan prostaglandin (jika hewan tidak bunting) dan untuk sista folikel : Suntik HCG/LH (Preynye, Nymfalon) secara intramuskuler sebanyak 200 IU. Sista luteal dengan PGH 7,5 mg secara intra uterina atau 2,5 ml secara intramuskuler. Selain itu juga dapat diterapi dengan PRID/CIDR intra uterina (12 hari). Dua sampai lima hari setelah pengobatan sapi akan birahi.
2. Subestrus dan Birahi Tenang
Subestrus merupakan suatu keadaan di mana gejala birahi yang berlangsung singkat/pendek (hanya 3-4 jam) dan disertai ovulasi (pelepasan telur). Birahi tenang merupakan suatu keadaan sapi dengan aktifitas ovarium dan adanya ovulasi namun tidak disertai dengan gejala estrus yang jelas. Penyebab kejadian ini di antaranya: rendahnya estrogen (karena defisiensi β karotin, P, Co, kobalt dan berat badan yang rendah). Apabila terdapat corpus luteum maka dapat diterapi dengan PGF2α (prostaglandin) dan diikuti dengan pemberian GnRH (Gonadotropin Releasing Hormon).
3. Anestrus
Anestrus merupakan suatu keadaan pada hewan betina yang tidak menunjukkan gejala estrus dalam jangka waktu yang lama. Tidak adanya gejala estrus tersebut dapat disebabkan oleh tidak adanya aktivitas ovaria atau akibat aktifitas ovaria yang tidak teramati. Keadaan anestrus dapat diklasifikasikan berdasarkan penyebabnya yaitu : a.True anestrus (anestrus normal). Abnormalitas ini ditandai dengan tidak adanya aktivitas siklik dari ovaria, penyebabnya karena tidak cukupnya produksi gonadotropin atau karena ovaria tidak respon terhadap hormone gonadotropin. Secara perrektal pada sapi dara akan teraba kecil, rata dan halus, sedangkan kalau pada sapi tua ovaria akan teraba irreguler (tidak teratur) karena adanya korpus luteum yang regresi (melebur).
b.Anestrus karena gangguan hormon. Biasanya terjadi karena tingginya kadar progesterone (hormon kebuntingan) dalam darah atau akibat kekurangan hormon gonadotropin.
c.Anestrus karena kekurangan nutrisi. Kekurangan nutrisi dapat menyebabkan gagalnya produksi dan pelepasan hormon gonadotropin, terutama FSH dan LH, akibatnya ovarium tidak aktif.
d.Anestrus karena genetik. Anestrus karena faktor genetik yang sering terjadi adalah hipoplasia ovarium dan agenesis ovaria. Penanganan dengan perbaikan pakan sehingga skor kondisi tubuh (SKT) meningkat, merangsang aktivitas ovaria dengan cara pemberian (eCG 3000-4500 IU; GnRH 0,5 mg; PRID/ CIDR dan estrogen).
4. Ovulasi yang Tertunda
Ovulasi tertunda (delayed ovulation) merupakan suatu kondisi ovulasi yang tertunda/tidak tepat waktu. Hal ini dapat menyebabkan perkawinan/IB tidak tepat waktu, sehingga fertilisasi (pembuahan) tidak terjadi dan akhirnya gagal untuk bunting. Penyebab utama ovulasi tertunda adalah rendahnya kadar LH dalam darah. Gejala yang nampak pada kasus ini adalah adanya kawin berulang (repeat breeding). Terapi yang dapat dilakukan di antaranya dengan injeksi GnRH (100-250 μg gonadorelin) saat IB.